Por este tiempo era presidente de Bolivia el Gral. don Andres de Santa Cruz, mandatario que deseaba agregar a su gobierno la repulica peruana. Temiendo Santa Cruz que Chile fuese contrario a esto, aconsejo al gobierno peruano la ayuda que presto a Freire cuando este vino del Peru con dos barcos a formar un ejercito en Chiloe, para derribar al gobierno de Prieto y Portales. Despues que Freire partio a Chile, Santa Cruz asumio el mando de la confederacion peru-boliviana. (Freire fracaso, y fue conenado a muerte, pena que se conmuto por destierro de diez años a Australia).
Portales vio un peligro para Chile en esa confederacion, porque se formaba ensus limites un pais poderoso, que mas tarde podria hacerle la guerra. Cuando Portales tuco conocimiento de la expedicion revolucionaria de Feire, ayudada por el Peru, y aconsejada por Santa Cruz, consiguio la declaracion de la guerra contra la confederacion peru-boliviana (1836).
Con la muete de Portales no se abandono la guerra. El presidente Prieto nombro jefe de la expedicion al generla don Manuel Bulnes, quien se embarco con un ejercito de 5000 soldados. En esta expedicio iban el general peruano Agustin Gamarras y otros (1838). Bulnes desembarco en Ancon (al norte de Callao) y se apodero de Lima despues de un corto combate. El Pueblo de Lima y su cabildo eligieron Presdente del Peru al general Gamarra.
Bulnes avanzo al norte en busca de un terreno apropiado para presentar batalla al general Santa Cruz,m que tenia a sus odenes 8000 soldados.
Los dos ejercitos se encontraron frente a frente en una meseta, limitada al norte por el rio Santa, al sur por el pueblo de Yungay y dominada por el escarpado el cerro Pan de Azucar, defendido por 600 hombres de Santa Cruz. Bulnes envio a algunas tropas a apoderarse del cerro. Los chilenos empezaron a subir clavando sus bayonetas o cuchillos; muchos cayeron y rodaron; el fuego de fusileria y las piedras que echarona rodar desde arriba, barrieron a los chilenos; elcomandante y el segundo en jefe murieron acribillados (Jeronimo Valenzuela y Andrez Olivares), cayeron igualmente los demas oficiales, y los soldados subieron al mando de los sargentos; llegados a la cima pelearon a bayoneta y a cuchillo. Vencieron los chilenos y el sargento Alegria clavo la bandera chilena y se gano el grado de capitan. En ese asalto se distinguio la chilena Candelaria Perez; el general la hizo sargento, y desde entonces se llamo la sargento Candelaria.
Al mismo tiempo que asaltaban el cerro, los chilenos atacaron en la meseta a las tropas de Santa Cruz; estas se defendieron con valor y lograron rechazar en algunas partes, pero Bulnes estaba atento para mandar refuerzos al lugar necesitado. La caballeria chilena despedazo a la boliviana. El ejercito pero-boliviano fue derrotado y Santa Cruz se libro de caer prisionero, huyendo (20 de enero de 1839). Dias antes de la victoria de Yungay don Roberto Simpson, al mando de 3 naves chilenas, rechazo en Casma (al norte de Callao) el ataque de una escuadrilla peruana y capturo el buque Arequipeño (12-I-1839). La victoria de Yungay derribo la confederacion. Destrozado el ejercito de Santa Cruz, bulnes termino su mision. "Sois libres, dijo a los peruanos; os he dado la libertad y ahora permitidme la satisfaccion de volver a mi pais sin haberle reportado a él ninguna utilidad ni beneficio material". En seguida vovlio a Chile. El ejercito victorioso hizo su entrada a Santiago en medio de las aclamaciones del pueblo.
